Museo Colonial
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El Museo Colonial desarrolla sus actividades desde 1942 en el Claustro de las Aulas, diseñado por el arquitecto italiano Joan Baptista Coluccini, S. J., y construido por el maestro Pedro Pérez, S. J., para albergar al Colegio Máximo de la Compañía de Jesús. Junto con la iglesia de San Ignacio y el edificio del Colegio de San Bartolomé forman parte de la actual manzana jesuítica.   La inscripción en latín Sapientia aedificavit sibi domum (Proverbios 9, 1), que significa "La sabiduría habitó su morada para sí", recibe a los visitantes desde el dintel de la puerta de entrada al museo, que comunica con un bello jardín interior, al estilo de las casas andaluzas. La edificación de dos plantas cuenta con amplias salas en las que se han exhibido las colecciones y han funcionado las oficinas desde 1942. 
La sede está cerrada por los trabajos de renovación estructural que se iniciarán este año 2014. Sus colecciones y contenidos temáticos, sin embargo, siguen estando disponibles a través de la página web, de las Salas Didácticas Itinerantes y de las redes sociales Facebook y Twitter.
 Museo Santa Clara    



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El Museo Santa Clara abrió sus puertas desde 1983 en la colonial iglesia del Real Monasterio de Santa Clara de Santafé. Fue terminada de construir en 1647 por el maestro mayor Matías de Santiago. Actualmente, es el único edificio en pie del que fuera el convento y el huerto de las monjas clarisas, demolido a comienzos del siglo XX. El templo se diseñó siguiendo las instrucciones de san Carlos Borromeo para la construcción de iglesias de monjas. Posee una sola nave y dos puertas laterales por donde entraban y salían las procesiones religiosas de la ciudad colonial.   Su fachada en piedra, con una sola espadaña nororiental, es tan austera como sobrecargado su interior barroco. El espacio está dividido en tres grandes áreas: el presbiterio, la nave central y el sotocoro o coro bajo. Este último está separado de la nave por una celosía que hace presente la influencia mudéjar en el ornato interior y recuerda la vida de clausura de las monjas coloniales. También posee un corredor que comunica lo que era la sacristía, al lado del presbiterio, con el coro bajo, y el coro alto, donde se aprecia una serie única de representaciones de animales.
Próximamente se habilitará un nuevo acceso al Museo Santa Clara para ingresar por la antigua sacristía de la iglesia, al costado sur del museo.

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