El Oficio del Pintor: Nuevas miradas sobre la obra de Gregorio Vásquez de Arce y Ceballos presentaba a los visitantes una perspectiva acerca del oficio del pintor colonial a través de las obras de Gregorio Vásquez, quien es considerado la figura más destacada del llamado “arte colonial” de la Nueva Granada. El visitante encontraba una recreación de lo que fue un taller de pintura en la época colonial y una muestra significativa de pinturas de Vásquez y de dibujos a él atribuidos.

“Una vida para contemplar. Serie inédita: vida de santa Inés de Montepulciano, O.P.” cerrada por restauración del inmueble sede del museo
Esta exposición inaugurada el 29 de septiembre de 2012, se realizó a partir del primer comodato realizado entre el convento de Santa Inés de Montepulciano de Bogotá y el Museo Colonial y comprendió 14 piezas, expuso una colección de obras nunca antes vista fuera del convento, las cuales repasan pasajes de la vida de la santa italiana. A su vez, estos cuadros fueron complementados por otras piezas que buscaban crear el contexto iconográfico, histórico y artístico de estas representaciones.

​La escultura fue sin lugar a dudas uno de los recursos visuales más utilizados por la Iglesia como mecanismo de difusión de su mensaje doctrinal en el periodo colonial. Esta sala brindaba al visitante un recorrido que ilustraba las tipologías, técnicas y usos de dicho recurso en los siglos XVI, XVII y XVIII. Las imágenes de santos, vírgenes y mártires que se encontraban en la sala daban cuenta de la multiplicidad de técnicas e iconografías que enriquecieron los templos y oratorios propios del mundo colonial neogranadino.

​Esta nueva sala abordó las transformaciones sucedidas durante el siglo XVIII. Se estructuró en tres secciones: “Las ideas”, “Las personas” y “Las respuestas”. La exposición representó los procesos culturales sucedidos en dicho siglo que forjaron la creación de identidades en el Nuevo Reino de Granada y dieron lugar a la Independencia.

La nave central de la iglesia del Real Convento de Santa Clara está dividida en tres partes. Al sur, el arco toral separa el presbiterio del espacio para la feligresía. Al norte, la celosía, actualmente restaurada, aísla el espacio del coro bajo del de la feligresía, de modo que protegía a las monjas de la mirada de los seglares. En la zona del presbiterio está ubicado el retablo mayor, compuesto por cinco calles y tres cuerpos, y otros ocho retablos están ubicados en los costados laterales de la iglesia. Todos ellos albergan imágenes (esculturas y pinturas) de las devociones profesadas en la Santa Fe colonial de los siglos XVII y XVIII. El sotocoro del presbiterio, así como el embovedado y los cielorrasos de los coros alto y bajo, exhiben pintura mural con motivos florales y de animales que contienen símbolos del catolicismo postridentino.