Organización
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Los Museos Colonial y Santa Clara son dos de los cinco museos del Ministerio de Cultura de Colombia en Bogotá. Actualmente, ambos museos funcionan bajo la dirección de María Constanza Toquica Clavijo.

Las áreas de Administración y Museología hacen parte de la Dirección y brindan apoyo administrativo y misional a las demás áreas.
 
Las áreas de Administración de Colecciones (Conservación - Registro), Curaduría, Museografía, Educación, Divulgación y Prensa, y Editorial trabajan de manera articulada en la protección, investigación y comunicación del patrimonio colonial.