Estudiar una lengua extinta es particularmente complicado debido a que todos los recursos disponibles para su estudio se reducen a un pequeño grupo de documentos históricos. Para el caso del muisca, sólo cinco documentos permiten su estudio: cuatro manuscritos y una gramática impresa con su confesionario. Interpretar el significado de cada palabra ‘muysca’ requiere un proceso extenso que supone la interpretación del español colonial, la comparación del muisca con otras lenguas chibchas vivas y el estudio de supervivencias lingüísticas como muisquismos léxicos y topónimos.