Los museos Colonial y Santa Clara se constituyen en grupos internos de trabajo del Museo Nacional como parte de la estructura administrativa del Ministerio de Cultura de Colombia. Estos espacios museales —que trabajan desde el 2002 bajo una misma dirección y misión, y con un mismo equipo humano— son dos de los principales referentes en la investigación, protección y comunicación del patrimonio colonial colombiano y su relación con el presente, en el contexto iberoamericano.
