Las exposiciones temporales activan la investigación, el diseño y la circulación del patrimonio cultural, por estas razones, además de la principal que es proponer nuevos espacios de reflexión para los distintos públicos, los museos Colonial y Santa Clara cuentan con un cronograma anual de exposiciones de corta duración que van desde investigaciones históricas, reconocimiento del patrimonio inmaterial, hasta diálogos con el arte contemporáneo.